ICS 07.080 G 04 GB 中华人民共和国国家标准 GB/T 30989—2014 高通量基因测序技术规程 Technical regulation of high-throughput gene sequencing 2014-07-24发布 2015-03-01实施 中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局 发布 中国国家标准化管理委员会 GB/T30989—2014 前言 本标准按照GB/T1.12009给出的规则起草。 本标准由深圳华因康基因科技有限公司提出。 本标准由全国生化检测标准化技术委员会（SAC/TC387）归口。 本标准起草单位：深圳华因康基因科技有限公司、深圳华因康高通量生物技术研究院、天津康昕瑞 基因科技有限公司、国家人类基因组南方研究中心、中国科学院北京生物物理研究所、深圳市标准技术 研究院、上海交通大学医学院附属瑞金医院。 本标准主要起草人：盛司潼、谭辉彪、金虹、赵国屏、王升跃、陈润生、周文、张俊。 GB/T30989—2014 高通量基因测序技术规程 1范围 本标准规定了高通量基因测序技术的术语与定义，测序的原理、技术指标、相关主要仪器、测序试剂 及配制和测序方法的要求。 通量基因测序。 本标准适用于单向测序、双向测序、混合样品测序三种类型的测序，也适用于表达谱测序、ChIP测 测序、序列多态性检测、临床基因诊断、个性化测序和基因组测序 规范性引用文件 2 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文 件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法 GB/T27025—2008检测和校准实验室能力的通用要求 JB/T6777 紫外可见分光光度计 YY/T0087电泳装置 YY0569Ⅱ级生物安全柜 YY/T0657医用离心机 YY91037电热恒温水浴锅 ASTME1342一1997用冷冻、冷冻干燥和低温养护法保存细菌、真菌、原生生物、病毒、遗传要素 以及动物和植物组织的标准实施规程（StandardPracticeforPreservationbyFreezing，Freeze-Drying， and Low Temperature Maintenance of Bacteria, Fungi, Protista, Viruses, Genetic Elements, and An- imal and Plant Tissues) 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 基因gene 位于染色体上编码一个特定功能产物（如蛋白质或RNA分子）的一段核苷酸序列，是遗传信息的 基本单位。 3.2 基因组 genome 一种生物体具有的所有遗传信息的总和。 3.3 核苷酸nucleotide 构成核酸的基本单位，由三部分组成：五碳糖、磷酸和环状的含氮碱基。 1 GB/T30989—2014 3.4 寡核苷酸oligonucleotide 一类短链核苷酸的总称，常用作探针确定DNA或RNA的序列。 3.5 文库library 通过生物来源的、人工合成的或克隆技术等所得到的一个重建分子群，如基因组文库、互补DNA 文库、噬菌体展示肽文库等。 3.6 标签文库taglibrary 将DNA样品随机打断后，在其两端连接带特定序列的接头，在接头之间的序列称为标签，所有不 同的标签的集合即为标签文库。 3.7 基因文库genelibrary 整套由基因组DNA片段插入克隆载体获得的分子克隆的总和。 3.8 cDNA文库cDNAlibrary 将处于特定发育阶段真核生物体的特定器官或组织中提取的总RNA，经过反转录等一系列的生化 反应合成双链cDNA群体后，再插人到适当的载体上，经转化寄主菌株构成的特定cDNA克隆群体。 3.9 DNA聚合酶 DNApolymerase 以一条DNA链作为模板合成一条新的DNA链时所需要的酶。 3.10 DNA连接酶 DNAligase 5K 在DNA复制、修复和重组过程中，由发挥作用的催化磷酸二酯键合成的酶。 3.11 引物primer 在DNA复制过程中，结合于模板链上并作为复制延伸的起始位点和/或终止位点的，具有一定长 度和顺序的寡核苷酸链。 3.12 探针probe 能识别特定碱基序列的、经过人工标记的一小段单链核酸分子，即一段与被测定的核苷酸序列（靶 序列)互补的带标记的单链核苷酸。 3.13 荧光探针fluorescentprobe 能识别特定碱基序列的、经过人工标记的一小段单链核酸分子，与待测靶序列互补结合后能发出所 标记荧光信号的单链核苷酸。 3.14 聚合酶链式反应polymerasechainreaction；PCR 模板DNA先经高温变性为单链，在DNA聚合酶和适宜的温度下，两条引物分别与模板DNA两 条链上的一段互补序列发生退火，接着在DNA聚合酶的催化下以四种dNTP为底物，使退火引物得以 延伸，如此反复变性、退火和DNA合成这一循环，使位于两段已知序列之间的DNA片段呈几何倍数 扩增。 2 GB/T30989—2014 3.15 基因扩增 gene amplification 某个或某些基因的拷贝数选择性增加的现象。 3.16 碱基 base 一类含氮原子的有机杂环化合物，是组成嘌呤和嘧啶的主要成分，是拼出遗传密码的“字母”。 注：DNA中的碱基主要有腺嘌呤（Adenine，A）、鸟嘌呤（Guanine，G）、胞嘧啶（Cytosine，C）和胸腺嘧啶（Thymine T)；RNA中的碱基主要有腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G)、胞嘧啶（C)和尿嘧啶（Uracil,U)。 3.17 碱基对basepair 形成“DNA梯子的横档”的一对碱基。 注：在碱基对中，腺嘌呤总是与胸腺嘧啶配对，鸟嘌呤总与胞嘧啶配对。 3.18 基因测序genesequencing 对核酸分子的核苷酸排列顺序的测定，即测定组成核酸分子的腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C） 和胸腺嘧啶（T)或者是尿啶（U)的排列顺序。 3.19 高通量基因测序high-throughputgenesequencing 区别于传统Sanger（双脱氧法）测序，能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通 常一次测序反应能产出不低于100Mb的测序数据。 3.20 单次测序single run sequencing 测序仪运行一个测序流程，如一次单向测序或一次双向测序的行为 3.21 测序通量throughput of gene sequencing 单次测序可获得序列信息的基因片段数量或可测定的脱氧核糖核酸和核糖核酸（以碱基表示） 数量。 3.22 物理通量 rawthroughput 测序时获得的初始未经任何处理的序列信息基因片段数量或脱氧核糖核酸和核糖核酸（以碱基表 示）数量，与有效通量（3.23）相对应。 3.23 有效通量 validthroughput 单次测序质量合格的基因片段数或碱基数。 3.24 测序读长 read length of gene sequencing 测序能测得的最长基因片段的长度，通常以碱基数表示。 3.25 测序准确率 accuracy of gene sequencing 对已知序列的基因进行测序，获得的正确碱基数占可识别的碱基数比例 3.26 碱基识别 』 base calling 测序过程中从荧光信号或其他由于测序反应而产生的信号转换成序列信息的过程。 3